MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Ralstonia solanacearum PSI07 plasmid pRSI13

Total Repeats: 231

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014308	CCA	2	6	69	74	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300698619
2	NC_014308	CTG	2	6	125	130	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300698619
3	NC_014308	AGGC	2	8	180	187	25 %	0 %	50 %	25 %	300698619
4	NC_014308	GTA	4	12	266	277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300698619
5	NC_014308	CGG	2	6	283	288	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698619
6	NC_014308	CG	3	6	297	302	0 %	0 %	50 %	50 %	300698619
7	NC_014308	CTT	2	6	332	337	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	300698619
8	NC_014308	CCAGCT	2	12	517	528	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	300698619
9	NC_014308	CGT	2	6	538	543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300698619
10	NC_014308	GCT	2	6	571	576	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300698619
11	NC_014308	GTC	2	6	590	595	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300698619
12	NC_014308	CG	3	6	617	622	0 %	0 %	50 %	50 %	300698619
13	NC_014308	GCT	2	6	711	716	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300698620
14	NC_014308	TGC	2	6	752	757	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300698620
15	NC_014308	CAGG	2	8	777	784	25 %	0 %	50 %	25 %	300698620
16	NC_014308	CGTA	2	8	890	897	25 %	25 %	25 %	25 %	300698620
17	NC_014308	GTT	2	6	923	928	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	300698620
18	NC_014308	GCA	2	6	1179	1184	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698621
19	NC_014308	GCAG	2	8	1209	1216	25 %	0 %	50 %	25 %	300698621
20	NC_014308	TGA	2	6	1236	1241	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300698621
21	NC_014308	TGAAGA	2	12	1391	1402	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	300698622
22	NC_014308	CGG	2	6	1437	1442	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698622
23	NC_014308	TGG	2	6	1448	1453	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300698622
24	NC_014308	GCG	2	6	1460	1465	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698622
25	NC_014308	GTC	2	6	1531	1536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300698622
26	NC_014308	CGG	2	6	1653	1658	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698622
27	NC_014308	TGC	2	6	1666	1671	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300698622
28	NC_014308	CGG	2	6	1783	1788	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698623
29	NC_014308	CGC	2	6	1894	1899	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300698623
30	NC_014308	TGC	2	6	1902	1907	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300698623
31	NC_014308	CCG	2	6	1947	1952	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300698623
32	NC_014308	GCA	2	6	1954	1959	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698623
33	NC_014308	ACA	2	6	2013	2018	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	300698623
34	NC_014308	CAG	2	6	2024	2029	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698623
35	NC_014308	CAG	2	6	2057	2062	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698623
36	NC_014308	AAC	2	6	2069	2074	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	300698623
37	NC_014308	ATG	2	6	2207	2212	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300698623
38	NC_014308	GCA	2	6	2360	2365	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698623
39	NC_014308	CAA	2	6	2413	2418	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	300698623
40	NC_014308	CG	3	6	2419	2424	0 %	0 %	50 %	50 %	300698623
41	NC_014308	AAAGG	2	10	2450	2459	60 %	0 %	40 %	0 %	300698623
42	NC_014308	GAACAA	2	12	2472	2483	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	300698623
43	NC_014308	CCTC	2	8	2504	2511	0 %	25 %	0 %	75 %	300698624
44	NC_014308	AGC	2	6	2540	2545	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698624
45	NC_014308	GAG	2	6	2650	2655	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	300698624
46	NC_014308	AAG	2	6	2656	2661	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	300698624
47	NC_014308	CGC	2	6	2723	2728	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300698625
48	NC_014308	GGTC	2	8	2831	2838	0 %	25 %	50 %	25 %	300698625
49	NC_014308	ACG	2	6	2890	2895	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698625
50	NC_014308	CTT	2	6	2945	2950	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	300698625
51	NC_014308	TTC	2	6	3003	3008	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	300698625
52	NC_014308	ATCG	2	8	3104	3111	25 %	25 %	25 %	25 %	300698625
53	NC_014308	TGG	2	6	3157	3162	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300698625
54	NC_014308	TGA	2	6	3169	3174	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300698625
55	NC_014308	CTT	2	6	3185	3190	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	300698625
56	NC_014308	GCC	2	6	3198	3203	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300698625
57	NC_014308	CGTGAT	2	12	3230	3241	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	300698625
58	NC_014308	TCA	2	6	3307	3312	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	300698625
59	NC_014308	GTG	2	6	3342	3347	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300698625
60	NC_014308	TGA	2	6	3424	3429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300698625
61	NC_014308	TGC	2	6	3478	3483	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300698625
62	NC_014308	CGA	2	6	3499	3504	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698625
63	NC_014308	GAT	2	6	3551	3556	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300698625
64	NC_014308	GGC	2	6	3560	3565	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698625
65	NC_014308	GCC	2	6	3582	3587	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300698625
66	NC_014308	TGG	2	6	3593	3598	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300698625
67	NC_014308	GCA	3	9	3600	3608	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698625
68	NC_014308	GCC	2	6	3609	3614	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300698625
69	NC_014308	TGG	2	6	3620	3625	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300698625
70	NC_014308	GGC	2	6	3626	3631	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698625
71	NC_014308	GCC	2	6	3636	3641	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300698625
72	NC_014308	GGT	2	6	3642	3647	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300698625
73	NC_014308	GCC	2	6	3660	3665	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300698625
74	NC_014308	GGCCT	2	10	3702	3711	0 %	20 %	40 %	40 %	300698625
75	NC_014308	CCG	2	6	3712	3717	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300698625
76	NC_014308	GCC	2	6	3741	3746	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300698625
77	NC_014308	GGC	2	6	3747	3752	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698625
78	NC_014308	GTG	2	6	3796	3801	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300698625
79	NC_014308	GCAGC	2	10	3808	3817	20 %	0 %	40 %	40 %	300698625
80	NC_014308	GGC	2	6	3840	3845	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698625
81	NC_014308	GGC	2	6	3864	3869	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698625
82	NC_014308	CAG	2	6	3878	3883	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698625
83	NC_014308	GGC	2	6	3900	3905	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698625
84	NC_014308	TCCC	2	8	3920	3927	0 %	25 %	0 %	75 %	300698625
85	NC_014308	GCA	2	6	3943	3948	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698625
86	NC_014308	CCA	2	6	3952	3957	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300698625
87	NC_014308	CGT	2	6	4000	4005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300698625
88	NC_014308	CGG	2	6	4052	4057	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698625
89	NC_014308	GGCACC	2	12	4058	4069	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	300698625
90	NC_014308	GGT	2	6	4113	4118	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300698625
91	NC_014308	GCC	2	6	4209	4214	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300698625
92	NC_014308	CAT	2	6	4391	4396	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	300698625
93	NC_014308	ACA	2	6	4402	4407	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	300698625
94	NC_014308	TCGA	2	8	4422	4429	25 %	25 %	25 %	25 %	300698625
95	NC_014308	GAG	2	6	4449	4454	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	300698626
96	NC_014308	CAGC	2	8	4458	4465	25 %	0 %	25 %	50 %	300698626
97	NC_014308	GCG	2	6	4470	4475	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698626
98	NC_014308	TGA	2	6	4539	4544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300698626
99	NC_014308	GAC	2	6	4637	4642	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698627
100	NC_014308	CCA	2	6	4648	4653	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300698627
101	NC_014308	GCCG	2	8	4688	4695	0 %	0 %	50 %	50 %	300698627
102	NC_014308	TTC	2	6	4698	4703	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	300698627
103	NC_014308	GGC	2	6	4720	4725	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698627
104	NC_014308	GGA	2	6	5011	5016	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	300698628
105	NC_014308	GCCTT	2	10	5034	5043	0 %	40 %	20 %	40 %	300698628
106	NC_014308	TTCGA	2	10	5060	5069	20 %	40 %	20 %	20 %	300698628
107	NC_014308	GC	3	6	5115	5120	0 %	0 %	50 %	50 %	300698628
108	NC_014308	CGAGCA	2	12	5245	5256	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698628
109	NC_014308	AGC	2	6	5707	5712	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698629
110	NC_014308	CCA	2	6	5747	5752	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300698629
111	NC_014308	AC	3	6	5754	5759	50 %	0 %	0 %	50 %	300698629
112	NC_014308	CGA	2	6	5780	5785	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698629
113	NC_014308	GAA	2	6	5830	5835	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	300698629
114	NC_014308	AAG	2	6	5836	5841	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	300698629
115	NC_014308	TGC	3	9	5972	5980	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300698629
116	NC_014308	TGG	2	6	5986	5991	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300698629
117	NC_014308	CCAA	2	8	6013	6020	50 %	0 %	0 %	50 %	300698629
118	NC_014308	G	6	6	6031	6036	0 %	0 %	100 %	0 %	300698629
119	NC_014308	G	6	6	6123	6128	0 %	0 %	100 %	0 %	300698629
120	NC_014308	CG	3	6	6129	6134	0 %	0 %	50 %	50 %	300698629
121	NC_014308	GCCAAA	2	12	6172	6183	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	300698629
122	NC_014308	CGC	2	6	6211	6216	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300698629
123	NC_014308	CACG	2	8	6233	6240	25 %	0 %	25 %	50 %	300698629
124	NC_014308	GCG	3	9	6256	6264	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698629
125	NC_014308	GCC	2	6	6265	6270	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300698629
126	NC_014308	CGT	3	9	6278	6286	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300698629
127	NC_014308	CGC	2	6	6516	6521	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300698630
128	NC_014308	GCC	2	6	6564	6569	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300698630
129	NC_014308	T	6	6	6599	6604	0 %	100 %	0 %	0 %	300698630
130	NC_014308	CGA	2	6	6620	6625	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698630
131	NC_014308	GCA	2	6	6638	6643	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698630
132	NC_014308	G	6	6	6682	6687	0 %	0 %	100 %	0 %	300698630
133	NC_014308	CCA	2	6	6731	6736	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300698630
134	NC_014308	GAA	3	9	6746	6754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	300698630
135	NC_014308	CAA	2	6	6794	6799	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	300698630
136	NC_014308	TGG	2	6	7369	7374	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300698631
137	NC_014308	GGC	2	6	7390	7395	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698631
138	NC_014308	GAC	2	6	7423	7428	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698631
139	NC_014308	CG	3	6	7469	7474	0 %	0 %	50 %	50 %	300698631
140	NC_014308	CAA	2	6	7476	7481	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	300698631
141	NC_014308	CGC	2	6	7636	7641	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300698632
142	NC_014308	GCG	2	6	7659	7664	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698632
143	NC_014308	CA	3	6	7711	7716	50 %	0 %	0 %	50 %	300698632
144	NC_014308	CGG	2	6	7720	7725	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698632
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147	NC_014308	ATGC	2	8	7874	7881	25 %	25 %	25 %	25 %	300698632
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149	NC_014308	GAC	2	6	7979	7984	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300698632
150	NC_014308	CG	3	6	8029	8034	0 %	0 %	50 %	50 %	300698632
151	NC_014308	AAG	2	6	8036	8041	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	300698632
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154	NC_014308	GC	3	6	8144	8149	0 %	0 %	50 %	50 %	300698633
155	NC_014308	ACC	2	6	8180	8185	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300698633
156	NC_014308	TG	3	6	8227	8232	0 %	50 %	50 %	0 %	300698633
157	NC_014308	TGC	2	6	8285	8290	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300698633
158	NC_014308	TGC	2	6	8294	8299	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300698633
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160	NC_014308	GCT	2	6	8352	8357	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300698634
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162	NC_014308	TGCGC	2	10	8465	8474	0 %	20 %	40 %	40 %	300698634
163	NC_014308	GCG	2	6	8487	8492	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698634
164	NC_014308	TGA	2	6	8525	8530	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300698634
165	NC_014308	AGG	2	6	8536	8541	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	300698634
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168	NC_014308	CAC	2	6	8574	8579	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300698635
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171	NC_014308	GC	3	6	8655	8660	0 %	0 %	50 %	50 %	300698635
172	NC_014308	TGG	2	6	8671	8676	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300698635
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178	NC_014308	GT	3	6	8982	8987	0 %	50 %	50 %	0 %	300698636
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220	NC_014308	CT	3	6	12172	12177	0 %	50 %	0 %	50 %	300698639
221	NC_014308	GCC	2	6	12181	12186	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300698639
222	NC_014308	GCGCT	2	10	12187	12196	0 %	20 %	40 %	40 %	300698639
223	NC_014308	CTG	2	6	12250	12255	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300698639
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227	NC_014308	CGG	2	6	12331	12336	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300698639
228	NC_014308	AAGA	2	8	12400	12407	75 %	0 %	25 %	0 %	300698639
229	NC_014308	CCT	3	9	12618	12626	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	300698640
230	NC_014308	CCA	2	6	12708	12713	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300698640
231	NC_014308	CT	3	6	12758	12763	0 %	50 %	0 %	50 %	300698640

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.